Die Kirche St. Peter und Paul liegt auf einer Anhöhe am Westrand des Dorfes. Den Besucherinnen und Besuchern bietet sich vom Friedhof, der rund um die Kirche angeordnet ist, ein weiter Blick ins Sundgau, ins Leimental, gegen den Gempenstollen und genau nördlich davon gegen den Badischen Blauen.
Dass dieser idyllische Platz bereits in römischer Zeit bebaut gewesen war, zeigten die Ausgrabungen durch das Amt für Museen und Archäologie, die anlässlich der Innenrenovation im Jahre 1994 erfolgten. Bei diesen Ausgrabungen wurden als unterstes Fundament römische Mauern und darin auch Münzen gefunden. Es muss sich dabei um die letzten Spuren eines Nebengebäudes eines römischen Baukomplexes handeln.
Das erste christliche Gotteshäuschen wurde sehr wahrscheinlich um 700 erstellt. Die Ausmasse dieses Kirchleins mit rund 8 Metern Länge und 6 Metern Breite waren sehr bescheiden. So wurde die Kirche in Ettingen im Verlaufe der Jahrhunderte immer wieder den Bedürfnissen der wachsenden Bevölkerung angepasst. Es wurde abgerissen, neu gebaut, erweitert und angebaut. Dabei sind sicher für uns heute wertvolle Bauteile und Einrichtungsgegenstände im Bauschutt versunken. Es ist aber anzunehmen, dass die Ettinger Kirche immer ein bescheidener "Zweckbau" war, denn für künstlerischen Schmuck hatte man sicher kein Geld.
Die heutige Kirche wurde in den Jahren 1913/14 erstellt und erhielt die endgültige äussere Form mit dem Anbau einer Sakristei und mit dem neuen Turmaufbau 1937.
Die Kirche St. Peter und Paul ist eine einschiffige Saalkirche. Die letzte umfassende Innenrenovation erfolgte 1994 unter der Leitung des Architekten Peter Fierz aus Basel. Der Innenraum zeigt sich hell und freundlich, wobei der Taufbrunnen, der Ambo, der Altar und der Tabernakel als wesentliche Merkmale im liturgischen Bereich eine einheitliche Farbgebung und Ausstattung erhielten.
Seit dieser Renovation erstrahlen auch die Graffiti (Altarbilder und Kreuzwegstationen), die der Oberwiler Künstler Jacques Düblin 1953 geschaffen hat, wieder in neuem Glanz. Zusammen mit den Glasbildern im Chor vom gleichen Künstler, aber bereits 1937 erstellt, bilden sie eine künstlerische Einheit.